Rakouský Dunaj byl a je důležitou dopravní cestou, takže paralelní železniční trať podél řeky nebylo třeba. Není proto možné často spontánně při špatném počasí, nebo když sedlo příliš tlačí, přestoupit na vlak. Kde to možné je, zde uvádíme.
1 Ottensheim – Linec, ca. 10 km:
- Mühlviertelbahn, denně mimo neděle a svátků po celý den v intervalu přibližně každých 15 až 30 minut.
2 Linec – St.Nikola-Struden:
- Donauferbahn, denně, po celý den každé 2 - 4 hodiny
3 Ybbs – Melk:
- Westbahn, , denně, po celý den každé 1 - 2 hodiny
4 Tulln – Vídeň:
- Franz-Josefs-Bahn, denně, po celý každou hodinu.
Existují ještě vlaková spojení mezi obcemi na Dunaji, které neleží přímo na řece, na př. Pasov–Linec, Ybbs-Vídeň nebo Kremž-Tulln.